Pondok Pesantren Al-Amin Mojokerto berdiri dari sebuah pemikiran tentang perlunya mencetak kader-kader Nahdlatul Ulama’ yang berkualitas, berwawasan luas, memiliki kepribadian luhur, berjiwa mandiri, dan berguna bagi agama, bangsa, dan Negara. Pondok Pesantren Al-Amin resmi didirikan pada tanggal 16 Juli 2000, dengan visi “Ilmu Amaliah, Amal Ilmiah, dan Akhlakul Karimah, berlandaskan ajaran Islam Ahlussunnah Wal Jama’ah An-Nahdliyah.” Pondok Pesantren Al-Amin terus mengalami perkembangan baik dari segi kualitas maupun kuantitas.

Pondok Pesantren Al-Amin merupakan Pondok Pesantren formal yang memiliki tiga keunggulan, yakni bahasa, kitab kuning, dan leadership. Pendidikan di Pondok Pesantren Al-Amin harus ditempuh selama enam tahun, mulai dari tingkat Madrasah Tsanawiyah (MTs) hingga tingkat Madrasah Aliyah (MA). Kurikulum yang digunakan di Pondok Pesantren Al-Amin adalah perpaduan antara kurikulum yang diterbitkan oleh Kementrian Agama dengan kurikulum pesantren.

Di era modernisasi dan kemajuan teknologi saat ini, masyarakat dan umat Islam memandang pendidikan pondok pesantren seolah-olah menjadi lembaga pendidikan kelas dua setelah pendidikan umum, baik negeri maupun swasta. Oleh sebab itu, Pondok Pesantren Al-Amin menyesuaikan dengan perkembangan zaman sehingga pendidikan karakter pesantren akan tetap bisa bersaing seiring dengan kemajuan teknologi.

Pondok Pesantren Al-Amin terus menyesuaikan diri dengan perkembangan yang ada, yaitu dalam hal teknologi. Selain itu, Pondok Pesantren Al-Amin telah mengembangkan program A-Smart, A-Cash, dan E-buy, yakni transaksi berbasis non tunai. Dalam hal pendidikan, Pondok Pesantren Al-Amin mengembangkan Al-Amin Digital Learning System (ADILS), Al-Amin Library Management System (ALIMS), dan Al-Amin Elektronik Sistem Informasi Manajemen (E-SIM), yang merupakan aplikasi tentang media pembelajaran, perpustakaan dan system informasi manajemen.

Semua hal tersebut akan terus dikembangkan demi terciptanya pelayanan yang lebih maksimal kepada seluruh pihak-pihak yang berkepentingan dengan Pondok Pesantren Al-Amin, baik secara langsung maupun tidak langsung.