Lima pendiri dan pengasuh pondok pesantren Al Amin yang berasal dari unsur ulama', umara', dan zu'ama'. Ada tiga nama besar dari unsur ulama' pendiri Al Amin, yakni KH. Abdul Aziz, KH. Mas'ud Yunus, dan KH. Muthoharun Afif. Sementara itu Dr. KH. A. Jazuli Aziz, S.H., M.Si. adalah representasi umara', dan H. Bambang Prayitno adalah representasi Zu'ama'. Kelima tokoh inilah yang membentuk asas, marwah, dan harakah pondok pesantren Al Amin.

Lembaga induk pondok pesantren Al Amin yang memiliki tugas utama dalam pengadaan sumber daya manusia, keuangan, dan sarana prasarana.

Lembaga yang memiliki tugas utama untuk mengelola pengembangan sumber daya manusia, keuangan, dan sarana prasarana.

Madrasah Aliyah Pesantren Al-Amin menyelenggarakan pendidikan jenjang menengah atas yang memadukan kurikulum Kementerian Agama dengan kurikulum khas pesantren, ditopang penguatan bahasa asing (inggris dan arab), kajian kitab kuning, dan pembiasaan akhlakul karimah.

Madrasah Tsanawiyah Pesantren Al-Amin menjadi jenjang awal pendidikan enam tahun di Pesantren Al-Amin. Santri dibekali dasar-dasar keilmuan agama, penguasaan bahasa Arab dan Inggris, serta pembiasaan adab keseharian di asrama.

Pondok Pesantren Al-Amin Mojokerto berdiri dari sebuah pemikiran tentang perlunya mencetak kader-kader Nahdlatul Ulama yang berkualitas, berwawasan luas, memiliki kepribadian luhur, berjiwa mandiri, dan berguna bagi agama, bangsa, dan negara. Pesantren ini resmi didirikan pada 16 Juli 2000 dan mengembangkan tiga keunggulan, yakni bahasa, kitab kuning, dan leadership.